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米曲霉是產復合酶的菌種，除蛋白酶外，還能產淀粉酶、糖化酶、纖維素酶、植酸酶、果膠酶等。米曲霉不產生黃曲霉毒素，是我國傳統釀造食品醬和醬油的主要生產菌種。米曲霉在釀酒生產中被作為糖化菌。此外，它還是曲酸的生產菌。米曲霉基因組所包含的信息可以用來尋找適合米曲霉發酵的條件，這將有助于提高食品釀造業的生產效率和產品質量。米曲霉基因組的破譯，也為研究由曲霉屬真菌引起的曲霉病提供了線索。米曲霉也會引起工農業產品霉變。
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